Молодой человек Томас Андерсон ведёт двойную жизнь. Днём он — программист в крупной компании, а ночью — хакер Нео. Однажды на его персональный компьютер приходит странное сообщение: «Ты увяз в Матрице» (The Matrix has you). Неизвестный даёт ему указание «идти за белым кроликом». Сразу после этого сообщения к Нео приходят его заказчики. Расплатившись с Нео, они приглашают его в ночной клуб. Томас сначала отказывается, но, увидев на спине у девушки заказчика татуировку в виде белого кролика, передумывает и отправляется с ними. В клубе он знакомится с девушкой-хакером по имени Тринити (англ. Trinity — Троица). Она обещает раскрыть Томасу тайну Матрицы, но для этого Нео должен встретиться с Морфеусом, который давно ищет Нео. Власти разыскивают Морфеуса как опаснейшего террориста.